Modelimi i homologjisë merr strukturën tredimensionale të një proteine të synuar bazuar në ngjashmërinë midis sekuencave të shabllonit dhe objektivit dhe kjo teknikë provon të jetë efikase kur bëhet fjalë për studimin e proteinave të membranës që janë të vështira për t'u kristalizuar si GPCR pasi ofron një shkallë më të lartë të të kuptuarit të …
Çfarë është modelimi homologjik dhe pse është i nevojshëm?
1.2.
Modelimi homologjik është metoda llogaritëse më e saktë për të krijuar modele strukturore të besueshme dhe përdoret zakonisht në shumë aplikacione biologjike. Modelimi homologjik parashikon strukturën 3D të një proteine pyetëse përmes rreshtimit të sekuencës së proteinave shabllon.
Cili është parimi i modelimit homologjik?
Modelimi i homologjisë njihet gjithashtu si modelimi krahasues parashikon strukturat e proteinave bazuar në homologjinë e sekuencës me strukturat e njohura. Ai bazohet në parimin se " nëse dy proteina ndajnë një ngjashmëri mjaft të lartë sekuence, ato ka të ngjarë të kenë struktura tredimensionale shumë të ngjashme. "
Çfarë e bën një modelim të mirë homologjik?
Nëse përcaktojmë një "model homologjik shumë të suksesshëm" si një që ka <=2 Å rmsd nga struktura empirike, atëherë shaboni duhet të ketë >=60% identitet të sekuencës me objektivin për një sukses norma >70% Edhe në identitete të sekuencave të larta (60%-95%), deri në një në dhjetë modele homologjike kanë një rmsd >5 Å kundrejt
Cila nga sa vijon është e vërtetë për modelimin homologjik?
Shpjegim: Siç sugjeron emri, modelimi i homologjisë parashikon strukturat e proteinave bazuar në homologjinë e sekuencës me strukturat e njohura Modelimi i homologjisë prodhon një model gjithë-atomik bazuar në përafrimin me proteinat shabllon.… Gabimet e bëra në hapin e shtrirjes nuk mund të korrigjohen në hapat e mëposhtëm të modelimit.
